程乡县的设置要比兴宁、大埔稍晚，于南齐时期（—年）设立，一说是从义招县分出，同属义安郡。但以程乡县境包括今天的梅县、平远、蕉岭、丰顺北部，其属地有一部分是从管辖兴宁县的南海郡割出，亦似成理。对于程乡的命名，有一种说法认为，是纪念程旻而来。由于时人对程旻感化当地人民，传播先进文化贡献的敬仰，把他故居所在的地方，“都曰义化，乡曰程乡，水曰程源。”因此设立县治时，命名程乡县，那条发源于平远流入梅江的河流命名程江。
隋唐两代，梅州地区隶属于潮州（一段时间改为义安郡）。期间，隋朝大业三年（年），位于今大埔的义招县改名万川县，唐武德四年（年），万川县废，县境并入海阳县。唐武德五年，兴宁县分为兴宁和齐昌两县，齐昌管辖今天的兴宁，当时的兴宁管辖今天的五华，过了几年的贞观元年，齐昌又并入兴宁。
到了五代十国时期，梅州一带由刘龑创立的南汉国管辖，兴宁县由循州管辖，在程乡县设立敬州，领程乡县。赵匡胤建立的宋朝灭南汉国后，因敬州之名犯忌宋太祖的祖父赵敬的名字，为避讳，所以改名梅州，是为梅州起名之始。另外，北宋熙宁四年（年），兴宁分置兴宁、长乐两县，长乐管辖今天的五华县境，县志设在雷公墩，是为五华建县历史的开始。按宋代的行政规划，今天的梅州地区分成三部分，被三个州管辖。本命梅州的州属管理程乡县，范围为今梅县、平远、蕉岭、丰顺北部；今天的兴宁、五华两县为县志设在龙川的循州管辖；今天的大埔、丰顺南部为海阳县，由潮州管辖。
对于梅州命名的起源，历史上存在两种针锋相对的说法，一种是人名说，一种是梅花说。提倡“人命说”的代表人物，是明末进士、翰林院编修，程乡著名文人李士淳（李二何）。李士淳在其编修的《程乡县志》里强调，梅州的命名来源于梅水（即梅江），而梅水起名的来源，与秦末汉初一位名叫梅鋗的将军有关。据《史记》记载，梅鋗在秦朝末年为百越族将领，随番君吴芮起兵反秦，后随刘邦，经武关攻入咸阳，灭掉秦国。汉高祖建国后，以其有功，封其为台侯。李士淳认为，梅鋗的封地，就包含了今天的梅县一带，所以，封地内的最大河流称为梅溪，后来梅州的命名以梅溪而来，根源还是在梅鋗身上。由此，他还专门否定“以程俗多树梅，故名梅溪”从而因梅花导致起名梅州的说法。认为梅州的起名，与程乡的起名一样，同样是因纪念一位历史人物而来。
从李士淳的论证中的另一面，我们可以看出，梅州命名梅花的说法也由来已久，但具体的提出者尚不得而知。乾隆十四年，嘉应州知州王之正倡修《嘉应州志》，次年而成。这部州志对李士淳的梅州命名说进行否定性的辩驳，认为梅鋗的封地位置是否在梅州境内成疑，且认为梅鋗无功于梅，似乎没有必要像纪念程旻那样以之命名，同时提出，梅州本地有梅峰、梅水，以山水而命名，“有何不可？”近现代以来，由于梅花的种植在梅州重新得到重视，一些古老的梅花树陆续被发现，包括大量吟梅州梅花诗歌的挖掘，由梅花——梅江——梅州的命名说，再次兴起。
从中国地名的命名习惯来说，以山水命名的地区和城市，比比皆是，如洛阳、济南、赣州、襄阳、汉阳、华阴、泰安；以一些植物花卉起名的也有，如桂林、成都别名蓉城，福州别名榕城等等；以人名命名的也有，不过古代以小地名居多，以纪念人物命名的大地名则现代较多。
从梅州的命名来看，来源于梅溪，即梅江应是毫无疑义的。问题是梅溪的起名是因为梅王，还是梅花？
现在梅江两岸依然分布着梅溪公王安济侯的神庙、神坛，包括汉帝宫，这些神圣具体是谁，目前仍争论不清。镇平（蕉岭）学者黄香铁则提供了另一种说法，这里的江河——梅江直通大海，通海之江名曰晦，讳言晦者，故改称曰梅。因此，梅江的起名是来源于梅鋗还是梅花，仍是个谜，有待进一步的考证。
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